Schagen kreeg in 1463 van Willem de Bastaard, de heer van Schagen, het recht om twee jaarmarkten en een weekmarkt te houden. Vele dorpen richtten vanaf ongeveer 1530 een waag op. De magistraat van Hoorn klaagde dat kooplieden daar kaas kochten en de markt van Hoorn voorbijgingen. Hoorn leed veel schade van deze voorbijlandvaart.
Hoorn protesteerde ook tegen het ‘buitendrinken’, door de komst van tapperijen buiten zijn grenzen. Op last van de Staten van Holland werden omstreeks 1591 drie brouwerijen in Bovenkarspel stilgelegd.
Vanaf de Rede van Texel werden de goederen uit de grote zeeschepen overgeladen in kleinere boten, die door hun geringe diepgang over de Zuiderzee konden varen. Ets van Petrus Schenck uit ca. 1700. (ZZM) Volvette Edammer kaas
De agrarische sector versterkte de bloei van de Westfriese economie. Dat het de boeren goed ging, was te zien aan de boerderijen. Na 1600 ontstonden in West-Friesland prachtige stolpen, waar mens en dier onder een pyramidaal dak onderdak hadden.
Veel koeienmelk werd verkaasd tot volvette Edammer kazen. Edammer kaas was in vroeger eeuwen onze voornaamste exportkaas. Het product was genoemd naar het stadje Edam, dat ooit een aanzienlijke uitvoerhaven van kaas was. Voor de Westfriese economie bleef kaas lange tijd een belangrijke pijler. De Westfriese boeren bleven ook aan vetweiderij doen. Deze vetweiderij werd na 1675 belangrijker toen de vraag naar kaas op de binnenlandse markt afnam door de verarming van de Republiek. De vetveemarkt had zich eerder, in 1605, verplaatst van Hoorn naar Enkhuizen, waar in 1624 11.769 stuks vee verhandeld werden. Kroegbaas en marktmeester Pieter Tatinghof speelde een hoofdrol in de Enkhuizer ossenhandel. Omstreeks 1660 slokte Amsterdam de markt op.
De haringvisserij groeide sterk in omvang. Enkhuizen domineerde zelfs tussen 1570 en 1700 de haringvisserij van de Republiek met 270 schepen.
Fragment van de plattegrond van Enkhuizen uit 1666. (ZZM) Bouw van VOC-schepen
De schepen uit de Westfriese steden en dorpen vervoerden allerlei goederen tussen Oost- en Zuid-Europa, bestemd voor de Amsterdamse stapelmarkt. Het ging om nijverheids- en luxe goederen. In 1602 werden in Hoorn en Enkhuizen kamers of afdelingen van de Verenigde Oost-Indische Compagnie (VOC) opgericht. De vier overige vestigingen van deze handelsorganisatie waren in Amsterdam, Middelburg, Rotterdam en Delft. De zes kamers kregen ieder een eigen college van directeuren, bewindhebbers genaamd.
Aan Onder de Boompjes in Hoorn had de VOC twee grote pakhuizen in gebruik. Aan de oostelijke kant van de Kielhaven had de kamer Hoorn haar scheepswerf, gelegen tegen de Buitenluiendijk. Bij de oprichting van de VOC in 1602 namen de participanten van de kamer Enkhuizen voor ruim een half miljoen deel in het totale VOC-kapitaal. Dit was het dubbele van Hoorn. Het nog bestaande Peperhuis aan de Wierdijk was een van de pakhuizen van de VOC-Enkhuizen. Nu maakt het deel uit van het Zuiderzeemuseum.
Enkhuizen en Hoorn bouwden beide vrijwel evenveel VOC-schepen.
In 1913 kocht de zaadhandel Sluis en Groot het Peperhuis in Enkhuizen, een oud VOC-pakhuis. Net als de werklieden van de VOC sorteerden de medewerkers van Sluis en Groot hun handelswaar. (ZZM) 