In de vrijgekomen gebouwen werd in 1828 het Koninklijk Instituut voor de Marine gevestigd. In de Franse tijd was deze instelling ook al in het vroegere VOC-complex te Enkhuizen gehuisvest geweest. Vanaf 1829 was het instituut voor Medemblik een economische factor van belang. Lang heeft de stad er echter niet van kunnen profiteren. Al spoedig klaagde het personeel over de ongezonde lucht. Verschillende delen van Noord-Holland hadden inderdaad ernstig te lijden van een bepaalde vorm van malaria, de zogenaamde derdedaagse koorts. De moerassige bodem, de lage ligging en de vochtige luchtgesteldheid werden wel als oorzaken genoemd. De plaatselijke bevolking was min of meer immuun voor de ziekte, maar dat was niet het geval met mensen die uit andere streken naar Medemblik kwamen. Het instituut werd als proef in 1849 met de KMA te Breda verenigd, maar enkele jaren later definitief naar Den Helder overgeplaatst.

Foto van de scheepshelling van de gebroeders K. en D. Bruin in Sint Pancras.Foto van de scheepshelling van de gebroeders K. en D. Bruin in Sint Pancras. Op de helling werden houten schepen hersteld. Door te breeuwen of te kalefateren konden de schepen weer waterdicht worden gemaakt. Men stopte in de scheuren uitgeplozen touwen en smeerde de boten vervolgens in met pek of teer. (HVSPScheepsregistratietekens

Met ingang van 1 augustus 1882 waren ook Zuiderzeevissers verplicht om registratietekens te voeren. Deze bestonden uit enkele letters die de gemeente aangaven en een nummer. Na de afsluiting van de Zuiderzee werden de uitsluitend op het IJsselmeer vissende schepen uit het register van kustvissersvaartuigen verwijderd. Al spoedig bleek het wenselijk deze maatregel ongedaan te maken en werden de IJsselmeervissers weer in de registers opgenomen.
Een lijst uit 1912 vermeldt de volgende Westfriese registratietekens:

Andijk : AK
Anna Paulowna : AP
Avenhorn (Scharwoude) : AV
Beets : BTS
Berkhout : BKR
Blokker : BLK
Bovenkarspel : BC
Enkhuizen : EH
Hoogwoud : HW
Hoorn : HN
Kolhorn (Barsingerhorn) : KR
Medemblik : ME
Schellinkhout : SH
Wervershoof : WF
Wieringen : WR
Wieringerwaard : WRW
Winkel : WIN
Wijdenes : WDN

Bot, ansjovis en paling

Eind 1700 werd het aantal Enkhuizer haringbuizen steeds kleiner, in 1795 was het als gevolg van de politieke omstandigheden met de haringvisserij helemaal gedaan. Nadat de Fransen ons land definitief hadden verlaten wilde het met het herstel niet vlotten. Het aantal Enkhuizer haringbuizen bedroeg toen nooit meer dan tien.
Aan het eind van de negentiende eeuw vond er een heroriëntatie van de Enkhuizer visserij plaats. Omdat de vis zich van de Noordzeekusten terugtrok gingen de Enkhuizer vissers zich meer op de Zuiderzee richten. Voor de afsluiting van de Zuiderzee waren haring, ansjovis en bot het belangrijkst.

Foto van het kanaal bij Kolhorn.Foto van het kanaal bij Kolhorn. Op de achtergrond hangen de netten te drogen, waarmee de schippers uit het dorp op ansjovis visten. (A. Wit, Nieuwe Niedorp)